Können mit der makroskopischen Bestimmung keine eindeutigen Merkmale zu einer Art und Grad der Schädigung festgestellt werden, dann bietet sich eine mikroskopische Bestimmung an. Die Probennahme, deren -präparation, die Durchführung und Bewertung der Mikroskopie von Pilz- und Holzmaterialien erfordert neben der entsprechenden labortechnischen Ausrüstung ausreichende fachliche Kenntnisse und praktische Erfahrungen.

Bild: Mikroskopische Betrachtung, Plattenhyphen aus der Fruchtschicht eines Fruchtkörpers mit fußählichen Enden (charakteristische Form für den Echten Hausschwamm)[Weiß, Wagenführ, Krus S. 55]

Im Strangmyzel werden Gefäßhyphen von etwa 5...60 μm im Durchmesser gefunden. die in großer Zahl zusammengelagert sind und Ringverdickungen tragen. Die Faserhyphen werden bis zu 5 μm dick, sind etwas starr und grünlich lichtbrechend. Die Faserhyphen sind sämtlich schnallenlos.
In der Fruchtkörperplatte findet man Plattenfasern von etwa 5...9 μm Durchmesser. Die Plattenfasern weisen stark verdickte Wandungen auf, so dass sie gelegentlich lumenlos erscheinen. Die "Enden" dieser Plattenhyphen zeigen eine fußartige, für Serpula lacrimans charakteristische Form (siehe Bild).
Die bis hellbraunen generativen Hyphen der Trama werden 2...9 μm breit und sind schnallenbesetzt. Zystiden fehlen. Der Basidiendurchmesser beträgt 7...10 μm, die -länge 30.. .40 μm. [Langendorf, G. S. 74]

Ist selbst bei mikroskopischer Bestimmung eine zweifelsfreie Zuordnung zu einer bestimmten Pilzart nicht möglich, sind die umfangreichen Bekämpfungsmaßnahmen wie bei Befall durch den Echten Hausschwamm zu ergreifen.

Die DIN 68800 Teil 4 Punkt 4.2.1. besagt ein Rückschnitt " ... bei Echten Hausschwamm und verwandten Hausschwammarten um mindestens 1 m in Längsrichtung ... ". Bei statischen Problemen kann der Sicherheitsabstand auf 0,50 m verkürzt werden (Hierzu weitere Erläuterung für diese Ausnahmebedingungen im Beuth-Kommentar S. 83ff). Die Sanierung ist in Längsrichtung 1,5 m (Schüttung und Mauerwerk) und bis zum nächsten nicht befallenen Deckenbalken auszuführen. Beispiel: Es liegt ein Befall am Balkenkopf vor. Der Deckenbalken inklusiv Dielung, Schüttung, Fehlboden ist für das Anbringen der Lasche freizulegen. Bei eindeutiger Bestimmung eines Naßfäulepilzes sind 30 cm über den sichtbaren Befall abzuschneiden. Beim Hausschwamm 100 cm. Auch beim Befall durch einen Naßfäulepilz sind Teile der Schüttung und angrenzende Hölzer auszutauschen. Der Umfang der Freilegung wird durch die Länge der Laschen bestimmt. Der zusätzliche Sanierungsaufwand, zum Beispiel für Holzbalkendecken, die durch den Echten Hausschwamm geschädigt sind, muß damit nicht wesentlich größer sein. In der Praxis werden oft Laschen in der Länge von 3 bis 4 m mit Dübel und Gewindestangen verwendet. Erfolgt hier eine optimale Materialauswahl und eine verbesserte statische Verbindung zwischen gekürztem Deckenbalken und der Laschen, so kann eine kürzere Laschenlänge gewählt werden beziehungsweise bei gleicher Laschenlänge kann der zu kürzende Sicherheitsabstand am befallenen Deckenbalken größer gewählt werden.
Ein weiter Kostenfaktor ist die Schwammbekämpfung im Mauerwerk. Lediglich das Myzel vom Echten Hausschwamm breitet sich im Mauerwerk großflächig, also weit über das Auflager aus. Liegt dies vor, ist die Frage mit großer Sicherheit, liegt ein oder kein Befall durch den Hausschwamm vor, beantwortet.

Die mikroskopische Bestimmung eines holzzerstörenden Pilzes erlangt dann an Bedeutung, wenn statische Probleme vorliegen, wertvolle Kunstgegenstände und denkmalgeschützte Bausubstanz bedroht beziehungsweise befallen sind und durch die Eingrenzung Sanierungskosten eingespart und die Bausubstanz erhalten werden kann. Zu beachten ist, dass für eine Schadensbestimmung und Eingrenzung des Umfangs immer mehrere Proben von verschiedenen Orten erforderlich sind. Auf die Anforderung der Probennahme wurde bereit oben verwiesen.

Wichtige mikroskopische Merkmale ergeben sich aus der Untersuchung von Sporen, Substratmycel, Fruchtkörper, Stränge und Oberflächenmycel. Die Proben werden hierzu meist angefärbt, um bestimmte typische Strukturen hervorzuheben. Bei älteren oder verschmutzten Proben ist mit dem Auftreten von Schimmelpilzen zu rechnen. Bei nicht hinreichend repräsentativen Proben kann dies zu Fehlinterpretationen führen. Neu ist die Bestimmung über die DNS (Desoxyribonukleinsäure).